1、克羅恩病:
本病的臨床表現、x線及內鏡所見常和腸結核酷似,必須仔細鑒別。
2、右側結腸癌:
本病比腸結核發病年齡大,常在40歲以上,一般沒有發熱、盜汗等結核毒血癥表現,x線檢查主要見鋇劑充盈缺損,病變局限在結腸,結腸鏡檢查及活檢可以確定結腸癌的診斷。
3、阿米巴病或血吸蟲病性肉芽腫:
既往有相應的感染史,膿血便常見,結腸鏡檢查多有助于鑒別診斷,糞便常規或孵化檢查發現有關病原體。
4、其他腸結核:
有時還應當與腸惡性淋巴瘤、耶爾森桿菌腸炎以及一些少見的感染性腸病來相鑒別,以發熱為主要表現者,需要與傷寒等長期發熱性疾病鑒別。