一,克羅恩病,本病的臨床表現X線及內鏡所見常和腸結核酷似,必須仔細鑒別。
二,右側結腸癌,本病比腸結核發病年齡大常在四十歲以上,一般無發熱、盜汗等結核毒血癥表現,結腸鏡檢查及活檢可以確定結腸癌的診斷。
三,阿米巴病或血吸蟲病性肉芽腫,既往相應的感染史,濃血便常見,糞便常規或孵化檢查發現有關病原體,結腸鏡檢查多有助于鑒別診斷,相應的特效治療有效。
四,其他,腸結核有時還應當與腸惡性淋巴瘤及一些少見的感染性腸病,如非典型分枝桿菌,性病性淋巴肉芽腫,梅毒侵犯腸道等,以發熱為主要表現者,需要與傷寒的長期發熱性疾病相鑒別。