第一,腸結核,腸外結核癥狀多見;克羅恩病則一般沒有腸外結核的表現。
第二,腸結核復發不多;克羅恩病病程較長,緩解與復發交替。
第三,腸結核一般少見瘺管,腹腔膿腫以及肛周病變;而克羅恩可以有瘺管,腹部包塊以及肛周病變。
第四,腸結核一般沒有病變的節段性分布;克羅恩病常有節段的腸道的病變分布。
第五,腸結核患者的潰瘍通常橫行、淺表而不規則;克羅恩病患者的潰瘍多為縱行、裂隙狀。
第六,腸結核患者結核菌素試驗陽性;而克羅恩病患者結核菌素試驗為弱陽性。
第七,腸結核患者經抗結核治療后,癥狀可以明顯改善,腸道病變好轉;而克羅恩病患者,經過抗結核治療后,癥狀沒有明顯改善,腸道病變也沒有好轉。
第八,腸結核患者病理學檢查,可以看到結核分枝桿菌,而且也可以看到干酪樣壞死;而在克羅恩病患者中,沒有上述的病理變化。