一,克羅恩病,本病的臨床表現x線及內鏡所見腸和腸結核酷似,必須仔細鑒別。
二,右側結腸癌,發病年齡大常在四十歲以上,一般無發熱、盜汗等結核毒血癥表現,x線檢查主要見鋇劑充盈缺損,病變局限在結腸,結腸鏡檢查及活檢可以確定結腸癌的診斷。
三,阿米巴病或血吸蟲病性肉芽腫,既往有相應的感染史,以膿血便常見,便常規檢查發現有關病原體,結腸鏡檢查多有助于鑒別診斷,相應的特效治療有效。
四,其他腸結核,有時還應當與腸惡性淋巴瘤以及一些少見的感染性腸病,例如非典型分枝桿菌、性病性淋巴肉芽腫、梅毒侵犯腸道、腸放線菌病等相鑒別,以發熱為主要表現者須與傷寒等長期發熱性疾病鑒別。