先天性巨結腸主要是由于痙攣段的腸管,腸壁肌間和黏膜下的神經叢內缺乏神經節細胞,就會導致腸管的肥厚,擴張,所以就會導致胎便的排出延緩,頑固性的便秘和進行性的腹脹。正常的寶寶一般在生后48小時以內胎便就排完了,而先天性巨結腸寶寶一般在生后24~48小時內都沒有胎便排出,或者僅有少量的胎便排出,甚至有的1~2周才排便1次,如果不進行灌腸則不排便,還會出現進行性的腹脹,腹壁看起來緊張,發亮,可以看到靜脈曲張,有的甚至會引起膈肌的上抬,造成呼吸困難。
另外,還會出現反復的嘔吐,甚至可以見到嘔吐大便樣的物質,長期的腹脹,便秘就會使寶寶的食欲下降,引起營養不良和發育遲緩。