抗菌藥物應該盡量避免局部應用,因為皮膚黏膜在應用抗菌藥物后很少被吸收,在感染部位不能達到有效的藥物濃度,反而引起過敏反應或者導致耐藥菌的產生,因此治療全身性感染或者臟器感染時應該避免局部應用抗菌藥物,抗菌藥物的局部應用應該只限于少數情況,比如全身給藥后在感染部位難以達到治療濃度,可以給局部用藥作為輔助治療。
某些皮膚表層以及口腔、陰道黏膜表面的感染可以采用抗菌藥物局部應用或者外用,但是應該避免將主要供全身應用的品種作為局部用藥,局部用藥宜采用刺激性小,不易吸收、不易導致耐藥性和不易導致過敏反應的殺菌劑。像青霉素類、頭孢菌素類等易產生過敏反應的藥物不可局部應用,氨基糖苷類等耳毒性藥物不可局部滴耳。