血清陰性脊柱關節病病因和發病機制目前尚不完全清楚,但大多數學者認為,本病的發生與遺傳因素,某些環境因素,和免疫功能紊亂有一定的關系,本病通常有家族遺傳傾向,與基因HLA-B27密切相關,通常會有家族聚集性,一些環境因素,比如某些細菌、病毒、支原體、衣原體等感染,也會誘發本病的發生。
尤其是在一些反應性關節炎、強直性脊柱炎中,會誘發疾病的發作或者加重,另外多種因素綜合作用,會導致患者免疫功能異常,免疫紊亂,而促成本病的發生。
本病通常是多種因素綜合作用的結果,大多數患者起病隱匿,但是只要早期診斷,早期進行合理有效的治療,患者預后良好,而且本病不會影響到壽命。