血清陰性脊柱關節病早期首發癥狀常為下腰背疼痛伴晨僵,也可表現為單側、雙側或是交替性臀部或者大腿根部的放射性酸痛,癥狀在夜間休息或是久坐時較重,活動以后可以減輕,對于非甾體抗炎藥反應良好,一般持續大約三個月。
最典型和常見的表現就是炎性的腰背痛,此外,還有一些其他附著點的疼痛,比如會有足跟或足掌部的疼痛,部分患者可以以下肢大關節的疼痛為首發的癥狀,但是較少發生骨質的破壞。除了關節癥狀以外,還有關節外的癥狀,大約30%的患者可以有反復的葡萄膜炎或虹膜炎,有少數的患者可能有腎功能的異常,間質性肺炎,腎臟的淀粉樣變等等。