當口腔局部手術、流產、分娩或泌尿道手術、心臟手術或呼吸道感染,細菌均可進入血流,由于機體防御機制多不產生危害。但當細菌附著在已有病損的心瓣膜或心內膜時,則局部有血小板、纖維蛋白的沉積,包繞細菌形成贅生物,吞噬細胞對細菌難以發揮吞噬作用,當贅生物破裂脫落,細菌多次釋放入血流形成反復慢性菌血癥過程。
感染性心內膜炎有一定的好發部位,多發生于血流沖擊或局部產生渦流的部位,如二尖瓣關閉不全的心房面,主動脈瓣關閉不全的心室面,室間隔缺損的右心室面,動脈導管未閉的肺動脈內膜面。急性感染性心內膜炎系慢性病程,贅生物上的細菌難以消滅,能長期生存,由于細菌毒力低,較少發生遷徙性感染。