一般臨床上進行腎臟病理學檢查是急性間質性腎炎診斷的金標準。除了感染相關性急性間質性腎炎外,其他類型的急性間質性腎炎患者都應當積極進行腎穿刺活檢檢查,以區別腎間質浸潤細胞的類型以及纖維化的程度,有助于治療方案的制定和進行預后評估。
急性間質性腎炎光鏡下主要表現為腎間質水腫、灶性或彌漫性炎性細胞浸潤,藥物引起以及全身感染相關性急性間質性腎炎,多數是以淋巴細胞和漿細胞浸潤為主,還可以見到較多的嗜酸性粒細。特發性間質性腎炎患者主要是單核細胞、淋巴細胞浸潤,偶可以見到嗜酸性粒細胞浸潤。細菌直接感染引起的急性間質性腎炎以中性粒細胞浸潤為主,病毒感染時則以單核細胞浸潤為主。腎小管可以有上皮細胞變性,灶性壞死以及再生,腎小球以及腎血管正常或病變較輕。