遷延性和慢性腹瀉病因復雜,感染,物質過敏,酶缺乏,免疫缺陷,藥物因素和先天性畸形均可以導致此病出現。以急性腹瀉未徹底治療或者治療不當從而出現遷延不愈最為常見,在人工喂養營養不良嬰幼兒患病率高。
它的原因是由于重癥營養不良時胃黏膜萎縮,胃液酸度降低,使胃殺菌屏障作用明顯減弱,有利于胃液和十二指腸液中的細菌和酵母菌大量繁殖。在營養不良時十二指腸和空腸粘膜變薄,腸絨毛萎縮變性,細胞脫落增加,雙糖酶尤其是乳糖酶活性以及刷狀緣肽酶活性降低,小腸有效吸收面積減少,引起各種營養物質的消化吸收不良。
重癥營養不良時腹瀉小腸上端細菌顯著增多,十二指腸內厭氧菌和酵母菌過度增殖,由于大量細菌對膽酸的降解作用,使游離膽酸濃度增高損害小腸細胞,同時妨礙脂肪微粒形成。