跟運動神經元病鑒別的疾病主要有:一,先天的遺傳性疾病,主要就是肯尼迪病。是發生于三十到四十歲的男性,以運動神經元受累為主,近端肌肉首先受累,出現無力萎縮震顫。另外會出現言語不清,吞咽困難等球部受累的癥狀,舌肌萎縮,震顫明顯,腱反射多減弱或者消失。另外有可能會伴有性功能障礙,不育,糖尿病等。實驗室檢查血清肌酸激酶會增高,肯尼迪病主要表現為下運動神經元受累。
還有跟肌萎縮癥鑒別,臨床表現是下運動神經元受累,肌張力低下,肌無力,肌萎縮。還有就是遺傳性,痙攣性截癱,該病以進行性的雙下肢肌張力增高,無力,以及剪刀步態為主要表現。還有一些后天獲得性疾病,比如頸椎病性脊髓病,主要是因為頸椎病引起的一些癥狀,可出現上運動神經元受累的表現,還有就是多灶性運動神經病。