慢性腎盂腎炎的病理生理改變包括肉眼血尿,可見腎萎縮,萎縮程度決定于病變的嚴重性和均勻性,腎表面瘢痕形成凹凸不平,腎被膜蒼白且難以剝離,在腎縱橫切面,這些都是慢性腎盂腎炎病因,病變輕微者大部分區域仍保留正常的皮質和髓質,而病情嚴重者,炎癥與纖維化廣泛地破壞腎正常結構,腎盂黏膜蒼白和纖維化。
顯微鏡檢查:可見腎實質內有大量漿細胞及淋巴細胞浸潤,腎小管呈不同程度的退行性變,部分腎小管擴張,其內含蛋白質分泌物,受累的腎小球發生纖維變性和明顯的透明樣變,常有動脈和小動脈壁增厚,除瘢痕形成區和慢性炎癥區外,還可見斑塊狀急性炎癥病灶,這樣就使擴張腎盞之上的腎實質瘢痕變得不太典型。