慢性腎盂腎炎的腎臟病理特點是腎組織活動性炎癥與修復,行為化及瘢痕形成的綜合改變,因病情和病程不同,病變可累及一側或雙側腎臟,雙側腎臟損傷程度可不相同,病變分布也不均勻,呈不規則性灶性、多灶性或片狀。
大體解剖可見腎包膜蒼白,不易剝脫,是外表因瘢痕收縮,而凹凸不平,腎盂及腎盞擴大,腎盂腎盞黏膜及輸尿管管壁增厚,腎皮質及乳頭處疤痕,腎髓質變形,皮質與髓質分界不清,嚴重的腎髓質廣泛萎縮,光鏡下腎間質可見淋巴細胞單核細胞浸潤,急性發作期還可見中性粒細胞浸潤,伴不同程度腎間質纖維化,大量是小管萎縮和消失,有時管腔內尚可見白細胞早期腎小球相對正常,晚期腎小球荒廢。