對于高位復雜性肛瘺,它的治療仍然是建議手術治療,當然在手術之前一定要謹慎,完善檢查,另外最好明確瘺管的走形,內口的位置,以利于術中操作。手術中可能需要很多種手術方式,比如說肛瘺切開術、肛瘺切除術、肛瘺掛線術,還有黏膜瓣推移術。
另外,對于高位復雜性肛瘺,如果經過1-2次手術之后,效果不明顯,癥狀仍然反復發作,也不一定說必須一次又一次的進行手術。因為多次的手術對于肛周組織的損傷特別大,特別是對于括約肌的損傷,很容易引起術后的肛門狹窄,或者說大便失禁。所以如果經過積極治療之后,癥狀緩解不明顯,也不一定說必須進行手術,很多時候只要能夠改善癥狀,內科保守治療也同樣可取。