心房顫動消融手術中,比較危重的手術風險為急性的心臟穿孔,這主要是由于房間隔穿刺有導致右心房,冠狀靜脈竇,主動脈根部和左心房等部位穿孔的可能。若一次房間隔穿刺失敗,推薦通過導絲將房間隔穿刺鞘送至上腔靜脈,然后重新穿刺,這樣可以避免穿破右房。同時在手術中也應該設定功率以及每個放電點設定時間應小于30秒,這樣可以最大的程度,避免急性心臟的穿孔。
另一方面也有一定血栓栓塞風險,這主要是由于在手術中可以出現血栓脫落,氣體栓塞,消融,焦痂脫落等方面而引起一過性腦缺血,或者留有不可逆的神經損傷。另外還有一定肺靜脈狹窄的可能,在射頻消融手術中,高能量的電磁波對于肺靜脈有一定的損傷,有可能造成術后的狹窄。同時術中以及術后有可能出現新發的左房房速,同時由于手術操作很有可能出現左心房食道瘺,以上為心房顫動,消融手術中的主要風險。