臨床上更年期抑郁癥的治療主要采用的是藥物治療,心理治療,物理治療。在藥物治療上主要采用的是五羥色胺再攝取抑制劑,改善患者大腦內五羥色胺和去甲腎上腺素等神經遞質的平衡紊亂,特別是應用帕羅西汀,氟西汀,度洛西汀或者是艾司西酞普蘭,文拉法辛等藥物。
而在臨床上心理治療也是非常重要的治療方法,以認知行為療法為主,幫助更年期女性改善患者的認知不合理,重建認知體系等方法,放松訓練也是非常有效的一種行為訓練方法。而物理治療的方法上可以采用重復經顱磁刺激治療,光照治療或者是電休克治療等方法,往往對更年期抑郁癥患者治療效果良好。