腎結核絕大多數都是由其它部位的結核感染導致,主要通過血行播散。腎結核絕大多數都是肺結核,也可能是骨關節結核或者是消化道結核,當這些部位的結核通過血進入腎臟皮質,早期都是在腎皮質腎小球周圍進行小的病灶,這里的血液循環很豐富,患者的免疫功能強,一部分就可以有效的治愈,如果免疫功能差結核的毒力強。結核菌數量多,這種情況可能就會逐步進展。
當由腎皮質進入腎小管袢處,這里就容易導致結核逐步加重,因為這里的血液循環差,容易導致結核菌素進一步的繁殖增多,病情逐步進展可能會穿破腎乳頭進入腎盞腎盂,就是典型的腎結核,潰破后通過尿液進入輸尿管、膀胱也可能蔓延到輸尿管結核、膀胱結核以及睪丸、附睪結核等。