臨床上脊柱裂的臨床表現,絕大多數的隱性脊柱裂終生不會出現癥狀,僅偶爾在x線,ct時候被發現;少數的病例中輕度的小便失禁或者是遺尿是唯一的表現,部分患者表現脊膜膨出和脊髓、脊膜膨出。主要是隱性脊柱裂的患者,表現為局部的包塊,嬰兒出生的時候,背部的中線,頸部或者是胸部以及腰骶部可以見到囊性腫物,從小指頭至巨大不等,包塊圓形或者是橢圓形的,基底往往都比較寬,部分患者會表現神經損害的癥狀。
單純的脊膜膨出可以無神經系統癥狀,但是伴有脊髓膨出變性的患者可以形成脊髓空洞癥,癥狀多較為嚴重,有不同程度的下肢癱瘓以及大小便失禁。膨出囊容易破潰,導致感染,從而導致腦膜炎,隱性脊柱裂的患者如果伴有上皮竇道,可以引起反復發作的腦膜炎癥狀。