克羅恩病的治療首先要進行一般的飲食和生活習慣的調整,主張高糖、高蛋白、低脂飲食,少渣飲食能夠減少排便的次數,適當補充葉酸,維生素和微量元素,如果發生了中毒性、巨結腸、腸瘺、短腸綜合征等并發癥。還可以使用全腸外營養,必要的時候需要輸血。
克羅恩病的患者還需要戒煙,慎用止瀉劑像洛哌丁胺這樣的藥物,治療常用藥物選擇氨基水楊酸鹽,包括柳氮磺胺吡啶、美沙拉嗪、奧沙拉秦,巴柳氮、糖皮質激素,比如潑尼松、英夫利昔單抗,如果急性發作的時候,可以使用抗生素類。比如發生了肛周病變瘺管炎性包塊以及腸道狹窄導致細菌過度增長情況下,還可以使用益生菌為腸道防御系統構建正常的防御菌群。