克羅恩病尚無特殊的治療方法,在無并發癥時,支持療法和對癥治療十分重要,可緩解有關癥狀。活動期以臥床休息,高營養,低渣飲食,嚴重時以禁食。糾正水電解質酸堿平衡紊亂,采用腸內或腸外營養支持,貧血者可補充維生素B12,葉酸或輸血。低蛋白血癥,可輸注白蛋白或血漿。
水楊酸、柳氮磺胺吡啶、腎上腺皮質激素或羥基嘌呤等藥物,控制活動期癥狀有效,解痙、止痛、止瀉、控制繼發感染,也有助于緩解癥狀。補充多種維生素,礦物質,和促進體內酶類和蛋白質的合成,同時具有保護細胞膜的作用。手術治療,用于完全腸梗阻,腸瘺及膿腫形成,急性穿孔或者不能控制的大出血,以及難以排除腫瘤的患者。