腸系膜上動脈栓塞一經確診,應該立即恢復血容量,應用廣譜抗生素,糾正引起腸系膜上動脈栓塞的可能病因,比如說心律失常、充血性心衰或者血容量不足等等,如果確診腸系膜上動脈栓塞,應該經導管立即給于罌粟堿灌注,一般是從60毫克作為初始劑量,然后每小時30到60毫克持續輸注12到48小時。
溶栓治療對于腸系膜上動脈栓塞也是有效的,藥物有鏈激酶、尿激酶和阻滯性纖溶酶原激活劑,如果腸系膜上動脈栓塞患者出現腹膜刺激癥時,應該進行剖腹探查。外科干預包括切除壞死和穿孔的腸段栓子摘除,血管成形,內膜切除和旁路手術等等。如果在手術時,對某些腸段能否存活不能肯定,應該進行第二次手術。