由于手術后克羅恩病患者的復發率比較高,因此手術適應癥主要是針對并發癥包括完全性腸梗阻、瘺管以及腹腔膿腫、急性穿孔或不能控制的大量出血,應當注意的是對腸梗阻要區分炎癥活動引起的功能性痙攣,與纖維狹窄引起的機械梗阻。前者經進食積極內科治療多可以達到臨床緩解而不需要手術治療。
對于沒有合并膿腫形成瘺管,積極內科保守治療有時可以達到閉合,合并膿腫形成或內科治療失敗的瘺管才是手術治療的指征。一般來說手術方式主要是切除病變腸段,術后應當注意進行復發的預防可以選用美沙拉嗪在半年內進行內鏡檢查,一旦內鏡下復發,建議應用硫唑嘌呤等免疫制劑進行治療。對于易于復發的高危患者可以考慮使用英夫利昔單抗進行治療,預防應用推薦在術后兩周開始,持續時間不少于三年。