自身免疫性胰腺炎的患者大多數需要應用皮質激素治療,皮質激素治療大多也是有效的。一般常用潑尼松治療,可以選擇0.6毫克每公斤體重每天,作為起始劑量,持續一到兩個月后,根據患者的治療反應酌情減量,以后每2到4周減少五毫克,維持劑量為2.5到5毫克。維持治療時間尚沒有共識,可以根據疾病活動程度及激素相關不良反應的情況,選擇維持1到3年的時間。
部分自身免疫性胰腺炎患者激素減量或停用后可能會出現復發,再次應用仍可有效。對于年老體弱的患者如果對糖皮質激素應用有顧慮則可以對癥處理,比如說針對梗阻性黃疸可以行內鏡下支架植入術等,對糖皮質激素治療無效的患者應該對診斷重新評估,并且考慮手術探查。在診斷明確的情況下可以予以免疫抑制劑治療,但是療效尚未見到明確的報道。