神經遞質系統在大量的臨床病癥中是處于紊亂狀態的,例如在帕金森病的過程中或一些海洛因成癮中所見的中腦黑質,以及投射到紋狀體的黑質紋狀體通路的多巴胺神經元就會出現受累的情況,它的神經遞質就處在紊亂過程中。而起源于中腦的像第二個多巴胺能系統是中央皮質邊緣系統通路,這條通路與包括在藥品內的一些成人行為有關。
這條通路主要包括中腦腹側的被蓋區、中腦前腦束和負荷等等,起源于基底核的膽堿能途徑,在阿爾茨海默病記憶功能方面則伴有著一些重要的角色。成癮性藥品可以增加負荷的多巴胺釋放,苯丙胺能夠增加囊泡內的多巴胺向細胞內釋放,并且通過多巴胺轉運體逆向轉運多巴胺。抑郁、成癮的患者在使用苯丙胺后顯示負荷的活性就會出現增強的狀況,而可卡因與多巴胺轉運體結合也可以抑制多巴胺的再攝取。