胃鏡下所見的典型的胃潰瘍多見于胃角和胃竇小彎,活動期消化性潰瘍一般為單個,也可以為多個,呈圓形或卵圓形,大多數活動性潰瘍直徑小于10毫米,邊緣較光整,底部有肉芽組織構成,覆以灰黃色滲出物,周圍黏膜通常有炎性水腫。
潰瘍深的患者可以累及胃壁肌層甚至漿膜層,累及血管時可以導致出血。侵及漿膜時,可以引起穿孔,愈合期潰瘍可以見瘢痕形成,十二指腸球部潰瘍的形態與胃潰瘍較為相似,多發生在球部。以鄰近幽門環的前壁或后壁多見,十二指腸球部可以因反復發生潰瘍,瘢痕收縮,而形成假性憩室,顯微鏡下潰瘍所致的黏膜缺損,超過了黏膜肌層。