其實本病發病機理尚不明確,抗原的沉積伴或不伴細胞器的免疫應答,iga復合物形成迅速和具有igaic受體的系膜細胞或嗜中性粒細胞清除效率,參與了整個發病機制,而細胞因子和生長因子則主要參與了系膜增生和硬化的機制。
由于iga腎病病人皮膚和肝臟中都能檢測到iga沉積,提示為系統性疾病,由于在腎小球系膜區和毛細血管均可有顆粒狀iga和c3沉積,提示其免疫復合物系發病機理。
其實以前研究曾提示本病所沉積的iga可能是粘膜原型的,然而在21世紀初的研究中使用了高度專一型的技術,證實并所沉積的是iga1主要是系統原型的。