蛋白質尤其是動物性蛋白質攝入過多對人體同樣有害,首先過多的動物蛋白質的攝入,就必然攝入較多的動物脂肪和膽固醇。其次蛋白質過多本身也會產生有害的影響,正常情況下人體不儲存蛋白質,所以必須要將過多的蛋白質脫氨分解,氮則是由尿排出體外,就加重代謝負擔,而且這一過程需要大量的水分,從而加重腎臟的負荷,若腎功能本來就不好,則危害更大,過多的動物蛋白攝入,也會造成硫氨基酸攝入過多,會加速骨骼中鈣質的丟失,容易產生骨質疏松。
蛋白質缺乏在成人和兒童中都有發生,但處于生長階段兒童更為敏感。蛋白質的缺乏常見癥狀是代謝率下降、對疾病抵抗力減退、易患病。遠期效果則是器官的損害。常見的是兒童的生長發育遲緩,體質量下降、淡漠、貧血以及干瘦病或者水腫,病因為易感染而繼發疾病。蛋白質的缺乏往往與能量的缺乏共同存在,即蛋白質熱量營養不全。分為兩種,一種指熱能攝入基本滿足,而蛋白質嚴重不足的營養性疾病,稱加西卡病。另一種則為消瘦,是蛋白者和熱能攝入均嚴重不足的營養性疾病。