反應性關節炎依據病史,臨床特點,反應性關節炎的診斷并不是太困難,但是對于一些不典型的,以及慢性經過的病例,需要跟一些疾病進行鑒別,最起碼需要跟強直性脊柱炎相鑒別。強直性脊柱炎緩慢起病,以下腰部疼痛為主,可呈上行性,患者有可能伴有非對稱性的下肢大關節疼痛、腫脹,以寬關節、膝關節、踝關節最常見,也有可能會累及上肢關節。
強直性脊柱炎的腰背疼痛以及關節炎病程緩慢,與反應性關節的急性過程不同,此外強直性脊柱炎骶髂關節炎多呈對稱性,脊柱受累為上行性,這就是分類未定的脊柱關節病,這種情況一般是具有脊柱關節病的臨床實驗室特征,暫時不符合某一種疾病的診斷,該病可能為某種脊柱關節的早期或者是獨立的疾病。
另外,需要跟化膿性關節炎相鑒別,化膿性關節炎為關節腔本身的感染導致的,一般發病比較急,往往是單關節受累,表現為關節局部的紅、腫、熱、痛這樣的表現。一般化驗血常規,會有白細胞的升高。