系統性硬皮病在晚期會導致很多臟器受累,患者有可能會有肌肉、關節、骨骼病變,往往會表現為肌纖維變性、萎縮或者纖維化,關節有可能出現畸形、活動障礙,骨骼病變會出現關節間隙變窄、活動受限、軟組織鈣化等。
消化系統有可能會表現為食管萎縮、狹窄,另外,有可能會出現小腸病變,出現營養不良性的腹瀉、腹脹、結腸病變也比較多見,還有可能會導致肝臟病變,出現肝硬化、肝衰竭。肺部病變會出現肺纖維化甚至引發呼吸衰竭、肺出血、胸膜反應等,也有可能會導致肺動脈高壓,導致肺源性心臟病、右心衰。
心臟方面有可能會引發心肌炎、心包炎、心內膜炎,引發心衰,各種心律失常這樣的表現。也會導致腎臟病變,出現少尿、無尿、水腫、高血壓。