纖維肌痛綜合征目前病因不清,病理生理及發病機制也是不明確的,因此目前也沒有特異的治療方法。綜合治療是主要的治療,包括運動以及減輕精神壓力和對癥止痛治療。在藥物治療中,抗抑郁藥是治療纖維肌痛綜合征的首選藥物,其中三環類抗抑郁藥應用最為廣泛;鎮痛藥中,非阿片類中樞鎮痛藥,比如曲馬多,對纖維肌痛綜合征有一定的療效。
在藥物治療的同時,可以進行認知行為治療,水浴療法、需要運動等治療,可以提高療效,減少藥物的不良反應。針灸治療對部分患者有效,但是任何的治療都不要過度。纖維肌痛綜合征一般不會造成臟器的損傷,預后比較良好。