感染性心內膜炎臨床表現涉及全身多個臟器,既多樣化又缺乏特異性,需與之鑒別的疾病比較多。
以發熱為主要表現的心臟體征輕微者需與傷寒、結核、上呼吸道感染、腫瘤、膠原組織疾病等鑒別。在風濕性心臟病基礎上發生本病,經足量抗生素治療而熱不退,心力衰竭不見好轉,應懷疑合并風濕活動的可能。此時應注意檢查心包和心肌方面的改變,如心臟進行性增大伴有奔馬率,心包摩擦音或心包積液等,但此兩種病也可以同時存在。
發熱、心臟雜音、栓塞表現有時需與心房黏液瘤相鑒別。本病以神經或精神癥狀為主要表現者,在老年人中應注意與腦動脈硬化所致的血栓栓塞形成、腦溢血與精神改變相鑒別。