肺結核的確診通常是經過相應的檢查找到結核桿菌存在的依據,例如可以通過痰培養、痰結核菌涂片,如果痰檢檢查找到結核分枝桿菌就可以確診為肺結核。另外部分患者還可以通過支氣管鏡的檢查,例如氣管鏡下的氣管黏膜局部的刷檢或灌洗,以及對局部壞死的肉芽腫進行病理活檢,如果找到結核桿菌或涂片找到結核桿菌,以及其病理活檢找到壞死性的肉芽腫時均提示有肺結核的存在。
對于部分患者還可以通過經皮肺穿刺的病理活檢找到典型的結核感染的病理變化,此時亦可以確診為肺結核。當然,患者也要經過胸部X線或CT檢查以及臨床癥狀來協同診斷。