引起消化性潰瘍的主要因素是幽門螺旋桿菌感染、藥物、遺傳易感性及胃排空障礙。幽門螺旋桿菌感染是消化性潰瘍的主要原因,十二指腸球部潰瘍患者的幽門螺旋桿菌感染可以達到90%以上,胃潰瘍一般為80%以上。藥物也是引起消化性潰瘍的一個原因,長期服用非甾體抗炎藥、糖皮質激素、氯吡格雷、化療藥物等可以導致潰瘍的發生。
遺傳易感性在部分消化性潰瘍中起到很重要的作用,如果家族中有消化性潰瘍的病史,那么本人得消化性潰瘍的可能性也很大。胃排空障礙是引起消化性潰瘍的另外一個因素,十二指腸-胃反流可導致胃黏膜損傷,胃排空延遲及食物停留過久可持久刺激胃酸分泌,促進潰瘍的發生。