褪黑素在短期內適量服用是安全的,無藥物依賴性及明顯的副作用的,褪黑素作為保健品,不建議大量長期的服用,長期大量服用褪黑素可能會出現藥物副作用,可能會影響人體正常分泌褪黑素的功能,引起睡眠功能紊亂。
正常時人體內褪黑素的含量較少,過多服用褪黑素可能會導致人體內甲狀腺素、腎上腺素濃度相對降低,使人精神委靡,困倦,欲睡。此時容易出現注意力分散,反應力減慢,敏感度降低,開車時容易發生交通事故,所以駕車、機械作業和從事危險操作等工作的人們要特別的注意。臨床上有一些服用褪黑素的人會感到記憶力下降,服用高劑量的褪黑素,使腦血管收縮會增加中風的危險。