多發性硬化本身是腦部和脊髓及其中樞神經系統的一些腦白質脫髓鞘病變。所以它的病灶一般會散在多發存在于整個的中樞神經系統。癥狀也會出現千變萬化的神經缺損癥狀,由于癥狀和體征不能單一用中樞神經系統的單一病灶類解釋,常常會出現大腦,小腦,腦干,脊髓和視神經病變的不同組合構成它的臨床癥狀。會出現一些臨床癥狀譜的情況。
在核磁共振上通常會在側腦室以及它的前角后角,包括像半卵圓中心胼胝體等處,包括像腦干,小腦和脊髓也會出現一些類圓形,或者是不規則的斑塊。
多數的病程長得多發性硬化患者,還會伴有腦室系統的擴張,腦溝增寬,腦白質萎縮的征象,這些都構成了多發性硬化的病灶,腦白質以及腦室周圍,可能會出現一些多發性的斑塊情況。