腸結核的檢查首先需要檢查血常規,患者如果是查血常規,可能有些患者會有輕度的貧血,大部分患者會有血流的加快。還有是糞便檢查,一般情況下腸結核患者經過糞便檢查,有可能會出現少量的膿細胞和紅細胞。第三,結核菌素試驗,有可能是陽性,強陽性的話有助于腸結核的診斷。影像學方面的檢查包括X線鋇餐造影,一般情況下檢查會發現局部有充盈不佳或者是排空加快的表現,X線鋇餐跳躍的征象,還可以進行乙狀結腸鏡和腸鏡檢查。
腸鏡的檢查能夠直接的觀察病變情況,還可以在直視下采取組織病理檢查。一般情況下會發現局部粘膜充血水腫,有時可能會出現潰瘍,還有進行腹腔鏡檢查,進行活檢來確定。