腸套疊可以分為原發和繼發兩種。95%是原發性,多為嬰幼兒,有人認為嬰兒的回盲部系膜沒有完全固定活動度較大,是容易發生腸套疊的結構上因素。5%繼發性病例多為年長兒,發生套疊有明顯的機械原因,比如梅克爾憩室翻入回腸腔內成為腸套疊的起點。
另外腸息肉腸道腫瘤,腸重復畸形,腹型紫癜治腸壁血腫等,均可以牽拉腸壁而發生腸套疊。
有些促發因素可以導致腸蠕動的節律發生紊亂從而誘發腸套疊,比如飲食改變,病毒感染及其腹瀉等。有研究表明病毒感染可以引起末端回腸集合淋巴結增生,局部腸壁增厚甚至突入腸腔構成套疊起點,加之腸道受病毒感染后蠕動增強而導致腸套疊發生。