幼年特發性關節炎,總體預后較好,適當處理后75%的患者不會嚴重致殘,并發癥主要是關節功能喪失和虹膜睫狀體炎所致的視力障礙,但是就個例而言,預后難測,有些人在歷經數年緩解后,在成人期,偶爾也會出現復發,有人就認為類風濕因子陽性滴度越高,預后越差。
另外,目前有報道幼年特發性關節炎可能發生嚴重并發癥,也就是巨噬細胞活化綜合征,這種疾病常急性發作。多見于男性患者,臨床表現為快速進展的肝功能衰竭,腦病,紫癲瘀斑和粘膜出血,甚至可以死亡。主要認為是由于T淋巴細胞和巨噬細胞的活化以及不可抑制的增生,導致細胞因子過度產生所致。