別嘌呤醇在應用過程當中有可能會產生副作用,可能會導致胃腸道反應。出現燒心、反酸、腹脹、消化不良、惡心嘔吐、腹痛、腹瀉等,也有可能會導致過敏反應,出現局部皮膚發紅瘙癢皮疹類似蕁麻疹樣的改變。也有可能會表現的比較重,出現廣泛而持久的皮疹,那就是有可能會導致血液系統異常,出現白細胞減少,血小板減少,貧血,骨髓抑制也有可能會導致發熱淋巴結腫大脫發。
另外有可能會引起肝功能異常導致轉氨酶升高,有可能會導致間質性腎炎,引起腎功能下降,肌酐尿素氮水平升高。另外有可能會引起一些嚴重的反應,比如波特性皮炎,中毒性的表皮壞死,松解癥,重癥多形性紅斑藥疹以及肝功能腎功能炎癥的表現。如果對該藥物過敏禁止使用,嚴重肝腎功能不全的患者以及明顯血細胞低下患者禁用。