麻疹可以導致麻疹腦炎和亞急性硬化性全腦炎,麻疹腦炎發病率約為千分之一到千分之二。患兒常在出生后的兩到六天再次發熱,臨床表現和腦脊液改變與病毒性腦炎相似,腦炎的輕重與麻疹輕重無關,病死率約為15%。存活者中智能障礙、癱瘓、癲癇等后遺癥的發生率可達20%以上。
亞急性硬化性全腦炎,是少見的麻疹遠期并發癥,發病率約為一百萬分之一到一百萬分之四。病理變化主要是腦組織慢性退行性病變,大多在患麻疹后兩到十七年后發病,開始時癥狀隱匿,行為和情緒的改變,以后出現進行性智能減退,病情逐漸惡化出現共濟失調、視聽障礙、肌陣攣等表現。遠期,因為昏迷強直性癱瘓而死亡,患者血清或者腦脊液中麻疹病毒igg抗體持續強陽性。