診斷敗血癥時應該盡早使用抗生素,在未獲得病原學結果之前,應該根據情況給予抗菌藥物經驗性治療。以后再根據病原菌各類和藥物敏感試驗結果調整給藥方案,常選用二聯或者三聯殺菌性抗生素聯合靜脈給藥,兩到三周病情穩定后改用肌注或者口服,療程需要持續到癥狀改善,退熱兩到三周或者血培養轉陰后一到兩周,連續兩到三次血培養陰性后方可停藥。
針對革蘭陽性球菌可用青霉素加氨基糖苷類,比如阿米卡星或者慶大霉素。金黃色葡萄球菌的耐藥菌株可用萬古霉素。耐藥性革蘭陰性菌用頭孢三代抗生素,抗生素應用足量或者大劑量靜脈給藥,無尿或者少尿者不宜用對腎臟有毒副作用的藥物。