皰疹性咽峽炎是由腸道病毒引起的,以急性發熱和咽峽部皰疹潰瘍為特征的急性傳染性咽峽炎,接口和呼吸道為主要傳播途徑,手足口病是由腸道病毒引起的傳染病,所以皰疹性咽峽炎和手足口病都是由于病毒感染引起的疾病,但是皰疹性咽峽炎只是上呼吸道的感染。
而手足口病是全身性的傳染病,兩者的發病部位不同。皰疹性咽峽炎皮疹主要是局限在咽下部和上額,手足口病除了口腔里面的皮疹,還會出現手心、腳心等其他部位,需要家長注意仔細的觀察。但是,都是由于病毒感染所導致的,治療原則基本差不多。雖然皰疹性咽峽炎和手足口病有很大的區別,而且兩種癥狀嚴重程度也不是特別相同,但是都是需要采取應用抗病毒的藥物進行治療。