這兩種疾病的發病位置不同,皰疹性咽峽炎疾病僅僅是在口腔里面出現皰疹或者是局部潰瘍的癥狀,身體其他部位不會有皮疹出現,也很少會伴有發熱以及全身不適等癥狀。而手足口病大多數的孩子口腔里面有皰疹,逐漸發展到手心和腳心以及臀部等地方都會有明顯皮疹癥狀,同時患兒還會有發熱癥狀。
皰疹性咽峽炎是一種可以自愈的疾病,很少會出現腦炎等嚴重并發癥,就算是早期沒有積極抗病毒治療,一般也不會有生命危險。但是手足口病就不一樣,對于一部分抵抗力比較低的患兒如果耽誤治療是會引起心肌炎、肺水腫等并發癥的出現,甚至還會出現死亡。