抗生素治療的用藥原則是早期用藥,對于臨床上懷疑有敗血癥的新生兒,不必等待血培養結果即可應用抗生素,另外還要進行靜脈和聯合用藥,在病原菌沒有明確前,可以結合當地菌種流行病學特點以及耐藥菌株情況,選擇兩種抗生素聯合使用。在病原菌明確后可根據藥敏實驗選擇用藥,藥敏不敏感但是臨床有效者,可以暫時不換藥。
抗生素的療程要足,血培養陰性以后經抗生素治療后病情好轉時應繼續治療五到七天,血培養陽性療程至少需要十到十四天,對于有并發癥者應該治療三周以上。在使用時要注意藥物的毒副作用,對于一周以內的新生兒尤其是早產兒肝腎功能不成熟,給藥的次數應該減少,約每十二到二十四小時給藥一次,一周后每八到十二小時給藥一次,因為氨基糖苷類抗生素可能產生耳毒性,目前已不主張在新生兒期使用。