過去研究顯示部分孤獨癥患兒存在著免疫系統的異常,其淋巴細胞,包括了t淋巴細胞,輔助t細胞和b淋巴細胞的數量減少,抑制誘導t細胞缺乏,自然殺傷細胞活性降低,補體c4b蛋白的水平明顯下降,孤獨癥譜系障礙患者白介素六,腫瘤壞死因子等炎性因子明顯的高于正常人群,孤獨癥患者存在著針對髓鞘蛋白、皺縮蛋白、膠質纖維酸性蛋白的自身抗體,尸檢發現孤獨癥譜系障礙,個體腦力長期存在著進行性的神經炎癥,局部腦組織比方說扣帶回,顳中回等等,他的固有免疫細胞出明顯激活狀態。
孤獨癥患者,腦積液中免疫細胞、炎性細胞因子、自身抗體有不同程度的升高。因此,有醫生提出免疫炎性假說,也就是由于中樞神經的炎癥導致了神經發育障礙引發了孤獨癥。