先天性巨結腸的病因和環境因素是有一定關系的,比如環境因素占到了30%,包括在出生以前,出生時和出生后環境因素的影響。
有人報道早產兒因缺氧而發生巨結腸癥,缺氧可發生嚴重的選擇性循環障礙,改變早產兒未成熟遠端結腸神經的細胞功能。有人報道手術損傷可能會引起巨結腸,也就是獲得性的巨結腸。先天發育的因素主要占到了25%,胚胎學研究證實從胚胎第五周開始,來源于神經嵴的神經管原腸神經節細胞在沿迷走神經纖維由頭側向尾側遷移的時候,在整個移行的過程中到胚胎第十二周完成,因此無神經級細胞癥是由于胚胎第十二周發育停動所導致,停動越早無神經節的細胞長段就越長。