一項來自意大利的研究顯示一型的系膜毛細血管性腎小球腎炎患者的十年腎臟存活率不足65%。另一項來自英國的研究顯示,持續腎病綜合癥狀態的一型系膜毛細血管性腎小球腎炎患者的十年腎臟生存力為40%,非腎病綜合癥者為85%。
與一型系膜毛細血管性腎小球腎炎預后相關的因素包括高血壓,腎功能受損,生命綜合癥和細胞新月體的形成。二型系膜毛細血管性腎小球腎炎的預后較一型差,這可能是由于電子致密物的沉積,可能與新月體腎炎和慢性間質性腎炎相關。二型系膜毛細血管性腎炎臨床緩解者少,見于不足5%的兒童患者,通常在疾病八到十二年進入腎衰竭。