因為特發性的膜性腎病有其特殊性，有一部分患者可能存在著較大的腎功能惡化的可能，也有部分患者存在著病情可以自發緩解。而且特發性膜性腎病的自然病程長，所以目前尚無特效的治療，因此選擇適當的治療時機非常重要。要考慮的因素有：適應癥，即什么樣的患者可能在遠期發展為終末期腎臟病，而需接受免疫制劑治療；禁忌癥，即什么樣的患者可能副作用超過療效，何時選擇何種治療方案。
絕大多數學者贊同，對有發展為終末期腎臟病的傾向的高危患者應盡早治療，而對不具有高危因素的患者給予一段時間的觀察期，多半在六個月。一是他們可在不面臨嚴重的藥物副作用的情況下，獲得自然緩解。北京大學第一醫院根據已有的循證醫學證據，結合自己的臨床經驗，對于我國的特發性膜性腎病患者，提出了以下的治療建議：
蛋白尿小于3.5g每天的患者，應嚴格控制血壓，以acei為基本的用藥，如貝那普利，可用20-30mg/天，同時接受合理的生活指導，定期復查。
尿蛋白在3.5-6g的每天，且腎功能正常的患者，除上述治療以外，應由腎臟專科醫生對其密切觀察六個月，病情無好轉應接受免疫制劑治療。
尿蛋白大于6g/天以及尿蛋白在到3.5-6g/天，但腎病綜合癥癥狀突出或腎功能不全的患者，應立即接受免疫抑制劑治療。首選激素，如潑尼松40-60mg/天，聯合ctx，累計量約為8克。效果不佳的患者可使用小劑量的環孢素或者嗎替麥考酚酯治療，后兩種用藥時間應在半年以上。血肌酐大于352umol/L的患者，或已有彌漫性的腎小球硬化，廣泛間質性的纖維化患者不應接受上述治療。
