急性腎盂腎炎可以累及單側或雙側腎臟,表現為局限或廣泛的腎盂腎盞黏膜充血水腫,表面有膿性分泌物,黏膜下有細小膿腫,一個或幾個腎乳頭可見大小不一,尖端指向腎乳頭肌底,伸向腎皮質的新型嚴重病灶。
病灶內可見不同程度的腎小管上皮細胞腫脹壞死脫落,腎小管管腔中有膿性分泌物,腎間質水腫,內有白細胞浸潤和小膿腫形成,炎癥劇烈時可有廣泛性出血,較大的嚴重病灶愈合以后局部形成斑痕。
腎小球一般無形態學改變,合并有尿路梗阻者炎癥范圍常廣泛,慢性腎盂腎炎雙側腎臟病變常不一致,腎臟體積縮小表面不光滑,有腎盂腎盞黏連變形、腎乳頭疤痕形成、腎小管萎縮及腎間質淋巴單核細胞浸潤,等慢性炎癥表現。